1954年，年僅18歲的趙鏞基罹患肺結核第三期，醫生宣布只剩三個月的生命。病中有人向他傳福音，他的病也在一年內奇妙得醫治。
蒙召傳道后，趙鏞基于1958年在貧民村用廢帳篷搭建了一個教會，稱為“大棗洞帳篷教會”，會友從五人開始，除趙鏞基外，就是崔子實牧師和其三子女，崔子實后來成為趙鏞基的岳母。趙鏞基在1973年興建了“國際禁食禱告院”，就是源自崔子實的异象。
1961年為配合城市宣教計划，趙鏞基牧師將教會遷至西大門，原有的六百名會友加上每日新增的人數，一千五百人的教會空間很快不敷使用。
1964年“西大門純福音教會”成長至三千人，趙鏞基牧師開始將主日崇拜分四場進行，以靈活運用空間。此時趙牧師也積勞成疾，在病中蒙上帝啟示，要以葉忒羅的原則來帶領教會，于是教會分為“小組”層層運作，如今成為數万個小組构成的龐大教會。
1969年，教會新址選在荒蕪的汝矣島，1973年完工，隨著汝矣島發展為漢城与南北都市的聯絡要道，教會人數爆炸性成長。1979年十万人，1986年五十万人，如今超過七十万人。
1983年，為解決集中崇拜帶來的交通問題，開始在都市外圍植立分堂与獨立分會。
1995年透過网絡，汝矣島純福音教會的禮拜實況同時傳給分散在全國的分支分會，開創分區同時禮拜的新体制。
1998年成立“以琳福利中心”，照顧貧苦儿童和無依老人。
2004年趙鏞基牧師退休，汝矣島純福音教會將由新人接手，其辦公室也將遷移至日本。